Anno 2199. La razza umana è stata quasi annientata dalla civiltà aliena del pianeta Gamilas attraverso il sistematico bombardamento della superficie con bombe termonucleari altamente radioattive. I sopravvissuti sono stati costretti a rifugiarsi in città sotterranee, ma gli scienziati stimano che potranno continuare a vivere al massimo per un altro anno, poiché la radioattività penetra sempre più in profondità. Inoltre, l'ultima flotta terrestre viene annientata nella battaglia di Plutone. L'ultima speranza per gli umani è rappresentata da una misteriosa tecnologia, donata da un lontano pianeta, Iscandar. Da quel mondo la regina Starsha invia sua sorella in una missione disperata per consegnare ai terrestri i progetti per costruire un motore interstellare, la tecnologia "a onde moventi", e consentire loro di raggiungere il suo pianeta che si trova dall'altro lato della galassia. La marina spaziale terrestre decide allora di trasformare in corazzata spaziale il relitto della nave da battaglia giapponese Yamato, affondata dagli americani alla fine della Seconda guerra mondiale. I giovani ufficiali Susumu Kodai e Daisuke Shima partono con la potentissima corazzata spaziale alla volta di Iscandar per recuperare la tecnologia con cui salvare la Terra dalla radioattività. Ma per portare a termine la loro missione, avranno soltanto un anno di tempo e dovranno attraversare combattendo l'enorme impero di Gamilas.