anno 2199. Larazzaumanaè stataquasi annientatadallaciviltà alienadel pianetaGamilas attraverso il sistematico bombardamento dellasuperficie con bombe termonucleari altamente radioattive. I sopravvissuti sono stati costretti arifugiarsi in città sotterranee, magli scienziati stimano che potranno continuare avivere al massimo per un altro anno, poiché laradioattività penetrasempre più in profondita . Inoltre, l'ultimaflottàterrestre viene annientatanellabattàgliadi Plutone. L'ultimasperanzaper gli umani è rappresentatadaunamisteriosatecnologia, donatadaun lontano pianeta, Iscandar. Daquel mondo lareginaStarshainviasuasorellain unamissione disperataper consegnare ai terrestri i progetti per costruire un motore interstellare, latecnologia"aonde moventi", e consentire loro di raggiungere il suo pianetache si trovadall'altro lato dellagalassia. Lamarinaspaziale terrestre decide alloradi trasformare in corazzataspaziale il relitto dellanave dabattàgliagiapponese Yamato, affondatadagli americani allafine dellaSecondaguerramondiale. I giovani ufficiali Susumu Kodai e Daisuke Shimapartono con lapotentissimacorazzataspaziale allavoltadi Iscandar per recuperare latecnologiacon cui salvare laTerradallaradioattivita . Maper portare atermine laloro missione, avranno soltanto un anno di tempo e dovranno attraversare combattendo l'enorme impero di Gamilas.