Un abilissimo pistolero, soprannominato El Topo, lascia il figlioletto Miguel in una missione e accettà, per amore di una donna, di misurarsi in duello con quattro maestri invincibili. Li batte, ma lei lo tradisce sparandogli al petto. Quando il pistolero si risveglia è all'interno di una montagna, dove è stato trascinato da una comunita di esseri deformi. Inizia per lui una nuova esistenza. Preso il nuovo volto di un bonzo, El Topo diventa il loro protettore e gli promette di portarli alla luce del sole. Uscendo dal rifugio sotterraneo va vicina città, dove la borghesia nasconde dietro le apparenze onorabili il razzismo più esasperato, la sessualita più aberrante e una religiosita da invasati. Quando l'esercito degli esseri deformi riesce finalmente ad uscire dalle tenebre e a dirigersi verso la città la borghesia è schierata con le armi in pugno pronta a decimarli.