Lasciato ormai alle spalle il difficile periodo della sua iniziazione, Neo (l'Eletto) ora controlla alla perfezione i suoi poteri e continua ad entrare ed uscire da Matrix, insieme a Trinity, per combattere contro le forze della repressione. Nonostante il loro impegno, tuttavia, Zion (l'ultima roccaforte umana sulla terra) è assediata da un esercito di oltre 250.000 sentinelle pronte a dare l'assalto finale al genere umano. A dispetto del pericolo, i cittadini di Zion sono fiduciosi: credono infatti nelle parole di Morpheus e di Trinity che l'Eletto adempierà alla profezia dell'Oracolo, bloccherà le macchine e porrà fine alla guerra. Neo, intanto, è preda di sconvolgenti visioni.