Il film narra le vicende di Yentl, una ragazza ebrea intelligente ed assetata di sapere, che vive con la sua gente in un villaggio della Polonia orientale, ai primi del novecento. Secondo le antiche tradizioni ebraiche, lo studio è riservato agli uomini, mentre le donne sono destinate al focolare ed ai figli, in una rigida divisione dei compiti che intende la Cultura principio maschile e principio femminile la Vita. Ma Yentl, assecondata dal padre, un anziano e saggio rabbino, si ribella alla regola comune e studia il mitico Talmud, compendio della cultura israelitica dell'epoca. Alla morte del padre, Yentl sfida con coraggio la tradizione e, tacitando i vicini, recita lei il Kaddish, la preghiera funebre che soltanto agli uomini è permesso recitare. Poi, si taglia i capelli, si veste da uomo e lascia il villaggio per andare a studiare presso una Yeshivà, la scuola religiosa riservata agli uomini. Per la sua dottrina non comune e per la sua vivace intelligenza, viene subito apprezzata dai maestri e, sotto il nome maschile di Anshel, inizia la sua vita di studente. Yentl diventa amica di un compagno di studi, Avigdor, e ben presto si accorge di amarlo. Ma Avigdor, che la crede un ragazzo, è fidanzato con Hadass, una ragazza bellissima e ricca di quelle virtù femminili, come la dolcezza e la sottomissione, che Yentl detesta. Le nozze sfumano per l'opposizione dei genitori della ragazza e Avigdor, disperato, prega Yentl/Anshel di essere lei ad unirsi in matrimonio con Hadass perché l'amata, se non può essere sua, vada sposa al suo migliore amico e, in tal modo, egli possa almeno seguitare a vederla. Yentl, al principio, rifiuta l'assurda proposta, ma alla fine accetta temendo che Avigdor parta per sempre. Il matrimonio viene celebrato e la situazione precipita nel grottesco durante la notte di nozze con Yentl/Anshel confusa ed in preda ad ovvi imbarazzi e Hadass che si attende da lei manifestazioni d'amore coniugale. Citando massime del Talmud, Yentl riesce a rinviare l'unione, ma i guai sono tanti perché Hadass incomincia ad amarla, mentre Avigdor pensa sempre all'antica fidanzata e lei stessa, Yentl, soffre per Avigdor. Finalmente, durante un viaggio a Lublino, Yentl troverà il modo di rivelare ad Avigdor la sua identità di donna e di confessargli l'amore che nutre per lui. In una scena madre i due si abbracciano ed il lieto fine sembra scontato. Ma Avigdor è uomo del suo tempo, legato a pregiudizi insormontabili e offre a Yentl una vita tradizionale dove la moglie, al massimo, può studiare di nascosto e vivere all'ombra del marito. Yentl rinuncia ad Avigdor che sposerà Hadass e, indossate nuovamente vesti femminili, parte per l'America dove la "conoscenza" è un bene liberamente accessibile a tutti gli esseri umani, siano essi uomini o donne.