Gli agenti J e K sono tornati indietro nel tempo. Nel corso dei suoi 15 anni fra i Men in Black, J ha visto delle cose inimmaginabili, ma nulla, nemmeno gli alieni, è riuscito a sorprenderlo tanto quanto il suo enigmatico e reticente partner. Ma quando la vita di K e il destino del pianeta sono messi a rischio, l'agente J dovrà tornare indietro nel tempo per sistemare le cose. J scoprirà che ci sono segreti nell'universo che K non gli ha mai rivelato - segreti che verranno alla luce nel momento in cui si unirà in squadra con un giovane agente K per salvare il suo partner, l'agenzia e il futuro dell'umanità.