Nel 1979, a New York, Michael Corleone, sessantenne, ammalato di diabete, tormentato dai rimorsi e stanco di violenza, ha raggiunto la rispettabilità: venduti i casinò di Las Vegas e investito il ricavato, utilizzando i servizi della Banca vaticana, è diventato celebre per le sue opere di beneficenza, cosicché, con l'aiuto di un arcivescovo americano ottiene un'onorificenza della Santa Sede. Alla festa che segue, mentre Mary, la figlia di Michael, si innamora a prima vista del cugino Vincent Mancini che la ricambia, Kay (l'ex-moglie, sempre amata) chiede a Corleone di permettere al loro figlio Tony (che aborre gli affari del padre) di fare il cantante lirico. Pur essendo contrario, Michael cede e poi, per consiglio della devota sorella Connie, accoglie alle proprie dipendenze il nipote Vincent, figlio illegittimo del defunto Sonny, che lo mette in guardia contro il mafioso Joey Zasa. Presto Vincent si dimostra impulsivo e violento, com'era suo padre, cosicché lo zio è scontento, anche perché decisamente contrario all'appassionato amore nato fra lui e Mary, che sono primi cugini. Intanto Michael è entrato in una grossa operazione finanziaria, l'Internazionale Immobiliare, vincendo, sempre con l'aiuto del solito arcivescovo, l'ostilità di alcuni azionisti. Ma i capi delle famiglie mafiose amiche vorrebbero partecipare all'affare, cosa che Michael rifiuta, perché l'operazione è assolutamente pulita. I boss ne parlano in una riunione plenaria ad Atlantic City, nella quale Corleone, dopo essere stato minacciato da Zasa, che poi si allontana, assiste ad una terribile strage dei presenti, compiuta con l'aiuto di un elicottero, e dalla quale lo salva Vincent. Questi in seguito ucciderà Zasa, responsabile della carneficina, però Michael scopre che l'ordine era venuto dal potente boss Lucchesi, al quale obbedisce oramai anche l'anziano capo Don Altobello, che i Corleone credevano loro fidato amico. Superato a stento un grave attacco di diabete, Michael parte per assistere al debutto di Tony al teatro Massimo di Palermo, nella "Cavalleria rusticana", poi, giunto in Sicilia, si confessa al Cardinale Lamberto, di cui conosce la bontà e l'onestà. I suoi peccati sono enormi, ma riceve l'assoluzione. Poco dopo, essendo morto Paolo VI, Lamberto viene eletto papa, col nome di Giovanni Paolo I. Al debutto di Tony assistono parenti ed amici, ma Lucchesi e Altobello hanno inviato un sicario per uccidere in teatro Corleone, che Vincent e i suoi cercano di proteggere. Al termine dello spettacolo, nel quale Tony trionfa, Altobello muore nel suo palco, avvelenato da Connie, mentre, in una sparatoria, Michael è solo ferito, ma viene uccisa incidentalmente Mary, la quale stava supplicando il padre di non ostacolare il suo amore.