L'impero di Britannia ha invaso il Giappone usando giganteschi robot chiamati Knightmare Frames. Il Giappone è ora rinominato come Area 11. Lelouch, un Britannico che ha vissuto ai tempi del Giappone, aveva promesso al suo amico Giapponese, Suzaku di distruggere Britannia. Ma un giorno, durante un attacco dei ribelli Eleven, incontra una ragazza di nome C.C. che gli trasmette il Geass, un potere che gli permette di obbligare chiunque ad eseguire i suoi ordini. Guidando i ribelli alla vittoria, Lelouch cambia identità in Zero e incontra il suo vecchio amico Suzaku, arruolatosi nell'impero di Britannia e quindi ora suo nemico.