Terminata con esito disastroso una missione segreta della quale è diventato il capro espiatorio, l'agente FBI Art Jeffries si vede affidare il compito di indagare sulla scomparsa di un bambino autistico di nove anni seguita al misterioso omicidio dei genitori. Recatosi a Chicago nella casa dove è avvenuto il delitto, Art trova il piccolo Simon nascosto in un armadio. Riuscito a stabilire un legame di fiducia con lui, Art capisce che Simon è in pericolo. In ospedale però la sorveglianza viene sospesa improvvisamente, e allora Art decide di portare via Simon e di fuggire con lui. Di fronte ad ulteriori tentativi di aggredire il bambino, Art finalmente scopre che è diventato un bersaglio da eliminare, dopo aver decifrato involontariamente un codice militare segreto, il 'Codice Mercury', utilizzato per missioni spionistiche americane nel mondo. Il colonnello Kudrow, dirigente dell'Agenzia per la Sicurezza Nazionale, si mette ad inseguire i due, deciso ad eliminare il piccolo. Abbandonato dall' FBI, Art lotta strenuamente contro gli agenti governativi. Nello scontro finale Art uccide Kudrow. Tempo dopo, va a scuola a trovare Simon, e i due si abbracciano.