Giappone, era Bakumatsu (1860-1899). La banda degli Ishin, guidati da Gentatsu Takatsuki e Takimi Shigure, preparano un agguato ad alcuni funzionari governativi. a difenderli c’è il samurai mercenario Kenshin, che affronta e uccide Gentatsu. anni dopo, in epoca Meiji, Kenshin, in visita a Yokohama, s’imbatte in un gruppo di marinai stranieri intenti a molestare la giovane Toki. Kenshin la aiuta, scoprendo che il suo accompagnatore non è altri che Shigure, mentre la ragazza è addirittura la sorella di Gentatsu. Kenshin e Shigure diventano amici, ma i piani sovversivi di quest’ultimo, che sta preparando una ribellione violenta contro il governo, li pongono su fronti opposti.