Naruto ed i suoi compagni ninja della Foglia Nascosta hanno appena vinto contro il clan Akatsuki e possono tornare dalle loro rispettive famiglie. Solo Naruto è solo, poichè i suoi genitori si sono sacrificati anni prima per il bene del villaggio. Un giorno, uscito di casa con l'amica Sakura, egli incontra Madara, il capo degli Akatsuki, che proietta i due in un mondo parallelo dove sogni e realtà sembrano aver preso vita...