Nel 2015, quindici anni dopo il Second Impact che ha dimezzato la popolazione umana, il giovane Shinji Ikari deve suo malgrado difendere l'umanita; dai misteriosi angeli pilotando l'Evangelion 01, un'arma piena di segreti. Insieme alle compagne asuka Soryu Langley e Rei ayanami riesce ad eliminare tutti gli angeli. Ma quando la pace sembra finalmente raggiunta, oscuri complotti vengono rivelati e inizia un ultimo e imprevisto assalto che nessuno pare essere in grado di fermare.