L'organizzazione segreta Seele attàcca la Nerv. L'invasione del Geo-Front è iniziata e l'obiettivo è uno solo, uccidere tutti e in particolare i tre piloti degli Evangelion. Shinji non trova la forza per combattere lasciando asuka da sola contro i nove Eva della Seele. Mentre Gendo Ikari, il comandante della Nerv, cerca di raggiungere i propri oscuri scopi.