L’Istituto Honnoji è una scuola stretta nel pugno di ferro del consiglio studentesco, guidato da Kiryuin Satsuki, che la controlla tramite una rigida gerarchia basata sul possesso di speciali uniformi capaci di dare poteri sovraumani a chi le indossa. Nell’istituto arriva Matoi Ryuko, una ragazza alla ricerca di indizi sull’assassinio del padre. L’unico in suo possesso al momento è la metà di un gigantesco paio di forbici, lasciata sulla scena del delitto dal colpevole. Ryuko si trova ben presto ai ferri corti col consiglio studentesco ma troverà, in un sotterraneo sotto casa sua, uno strumento essenziale per poterlo affrontare: un’uniforme senziente che le darà poteri pari se non superiori a quelli dei suoi avversari!