Preston, Idaho, USa. Napoleon Dynamite è un adolescente frustrato e alienato che vive con la nonna e il fratello trentenne, Skip, aspirante karateca impegnato in lunghe conversazioni via internet con la fidanzata LaFawnduh. Napoleon invece, passa le giornate cercando di migliorare le sue doti artistiche di ballerino e disegnatore e facendo progetti insieme al suo unico amico Pedro, da poco emigrato dal Messico, che ha deciso di candidarsi come presidente del comitato studentesco contro la bella e perfida Summer. Per vincere le elezioni, i due ragazzi si avvalgono anche dei consigli della timida Deb, segretamente innamorata di Napoleon. Purtroppo, a complicare la gia difficile vita del ragazzo, sopraggiunge l'inconcludente zio Rico, nostalgico degli anni '80, alla ricerca di un modo per fare soldi facili.