200 anni sono passati da quando Ripley ha commesso l'estremo sacrificio su Fiorina 161. Durante questi anni e dopo sette terribili fallimenti, gli scienziati sono finalmente riusciti a clonare una copia perfetta di Ripley - una copia che include la Regina aliena che stava crescendo dentro di lei al momento della sua morte. E poiché il clone di Ripley è perfetto, gli scienziati decidono di tenerla in vita per analizzarla. Ma la nuova razza di alieni nata dalla Regina di Ripley è molto più intelligente dei suoi predecessori - una circostanza sfortunata di cui gli scienziati non si rendono conto fino a quando l'equipaggio della Betty arriva con nutrimento ulteriore per gli alieni, sotto forma di un gruppo di umani rapiti.