L'eccitante spy drama torna per un'emozionante quinta, nonché ultima, stagione nella vita dell'agente Cia Sydney Bristow protagonista di una corsa senza sosta tra spionaggio, avventura ed emozioni. ancora molte emozioni attendono Sydney. Dopo esser sopravvissuti entrambi all'incidente automobilistico, Sydney scopre che l'uomo che conosce come Michael Vaughn è sotto indagine e sospettàto di essere un doppiogiochista. Sydney si interroga se i loro rapporti personali e di lavoro negli ultimi anni siano stati tutti una bugia. Quando Sydney scopre di essere rimasta incinta e che il padre è Vaughn, è determinata a scoprire tuttà la verita su di lui. Intanto Jack, a causa del passato tradimento di Irina, comincia a temere che sua figlia possa soffrire il suo stesso destino, e deve iniziare ad affrontare il fatto che presto diventera nonno, mentre sta ancora imparando a essere un buon padre. Nuovi agenti entrano in gioco, e un'organizzazione criminale verra alla luce nella vita di Sydney mentre la donna lottera per proteggere il bambino che aspettà.