U.C.0096. Sono passati 3 anni dall'ultimo conflitto tra Neo Zeon e la Federazione Terrestre, ma i focolai di ribellione tra gli spazianoidi non si sono ancora spenti. I nuovi ribelli, conosciuti con il nomignolo di "Maniche" stanno per mettere le mani sullo "Scrigno di Laplace", oggetto misterioso che permetterà ai ribelli di liberarsi una volta per tutte dalle catene imposte dalla Federazione. Il detentore di tale oggetto misterioso è un commerciante d'arte di nome Cardeas Vist, presidente e titolare della fondazione Vist il destinatario della transazione è Zinnerman, comandante della nave Garencieres. Ma la giovanissima principessa Audrey, affiliata ai ribelli e protetta da Zinnerman, sta cercando di evitare che tale transazione avvenga, perché segnerebbe l'inizio di un nuovo conflitto. Aiutata dallo studente Banagher riesce a giungere nella villa di Cardeas e cerca impedire che lo Scrigno finisca nella mani dei ribelli. La sua missione fallisce, e il conflitto esplode. Grazie a lei, tuttavia, Banagher entra in contatto con Cardeas che in punto di morte gli affida il Gundam Unicorn, insuperabile macchina da guerra.