Seconda metà del XIX secolo: gli anni in cui lo shogunato ebbe termine, vedendo tramontare secoli di stabilità, tradizioni e onore. La fine del Giappone feudale e l'inizio di un'epoca nuova, incerta e oscura. Anni di guerre fratricide, di sospetti, di aggressioni, di sangue. E di morte. E proprio nella fucina della morte viene forgiato il cuore del giovane Shinta, strappato a una sorte terribile da un solitario maestro di spada, che ne farà il suo allievo. L'innata abilità a uccidere e il suo ineluttabile destino lo porteranno a unirsi agli infervorati idealisti della fazione combattente degli Ishin-Shinshi, intenti a creare una milizia popolare e una rete di sicari con cui destabilizzare il dominio dello shogun e restituire il potere all'imperatore. La rivoluzione armata è alle porte, e Shinta mette da parte gli insegnamenti del suo maestro, convincendosi che la morte del nemico è un male necessario in tempi così terribili. Neanche l'incontro con la bella ed enigmatica Tomoe eviterà al ragazzo, ormai privo di legami e affetti, di trasformarsi nel più pericoloso assassino del suo tempo: Kenshin Himura.