Terra, otto mesi dopo la fine della Guerra di un Anno. Il capitano Monica lancia una missione segreta, l”Operazione Thunderbolt”,e seleziona Io per pilotare l’Atlas Gundam. Dovrà guidare la nave d’assalto Spartan in una zona dell’Oceano controllata dalla South Seas Alliance. L’obiettivo è recuperare o distruggere i dati dello Psycho Zaku, di cui ora l’alleanza è in possesso. Daryl, dopo aver vinto lo scontro con Io, scende sulla Terra insieme alle restanti forze del Principato di Zeon, anche lui per ottenere informazioni sullo Psycho Zaku. Combattendo con i suoi nuovi compagni, Io incontra Peer, comandante della guarnigione di frontiera della South Sea Alliance. In mare, sul ghiaccio e attraverso la giungla, i mobile suit di Zeon, della Federazione e dell’Alleanza si scontrano in una battaglia senza tregua.