La sconfittà inflittà a Khan dall'ammiraglio Kirk e la creazione del pianeta Genesis sono vittorie che nessuno ha voglia di celebrare. Spock è morto e McCoy sta inspiegabilmente perdendo la ragione. Ma un'inaspettàta visita di Sarek, il padre di Spock, svela un fatto sorprendente: l'essenza vitale di Spock è entrata nel corpo di McCoy. Con un amico vivo e l'altro no, ma entrambi in pericolo, Kirk cerca di aiutare i suoi compagni rubando l'Enterprise e sfidando la quarantena della flottà spaziale sul pianeta Genesis. Ma anche i Klingons hanno saputo di Genesis e stanno piombando sul pianeta per affrontare Kirk in un duello mortale.