Dopo l'estremo sacrificio di Spock, gli uomini della U.S.S. Enterprise tornano sulla Terra lasciando il neonato pianeta Genesi. Giunti a casa, capiscono che il futuro non riserva loro una vita facile: Scotty viene riassegnato, il Dottor "Bones" McCoy sembra impazzire e l'Enterprise va in disarmo. Solo quando Kirk riceve la visita del padre di Spock capisce che il suo vecchio amico può avere un'altra occasione di vita se l'equipaggio riuscirà a tornare al pianeta Genesi sopravvivendo alle interferenze dei Klingon.