Considerati fuggitivi dalla stessa Federazione che hanno giurato di proteggere, gli uomini della U.S.S. Enterprise tornano obbedienti sulla Terra per affrontare le accuse dei crimini commessi durante il salvataggio del resuscitato Spock. Durante il viaggio scoprono che la Terra è sotto l'attacco da parte di una strana sonda aliena che pretende una risposta da una forma di vita ormai estinta. Al comando dello Sparviero catturato ai Klingon, Kirk e gli altri tornano indietro nel tempo per salvare la Terra riscoprendo il signifi cato dell'amicizia.