Donatello, Raffaello, Michelangelo e Leonardo, le quattro tartarughe abili nelle arti marziali e nel trangugiare pizze, vivono a New York. Il quartetto questa volta è impegnato nel contrastare il piano del malvagio Shredder il quale vuole costruirsi una propria armata di mutanti utilizzando lo stesso fluido che anni prima aveva dato origine anche alle tartarughe ninja.