Passati cinque anni dall'invasione degli alieni Duplo, gli abitanti dell'universo LEGO vivono in uno stato di post apocalisse dove lottano per sopravvivere, tutti tranne Emmet che vive la vita normalmente in allegria ma quando una misteriosa aliena, il Generale Sconquasso, rapisce Lucy e tutti i suoi amici per condurli dalla malvagia regina Wello Ke-Wuoglio, toccherà proprio ad Emmet insieme al viaggiatore spaziale Rex Rischianto intraprendere una missione per riuscire a salvare loro e l'intero mondo LEGO.