La storia ha inizio qualche tempo dopo l'ultimo episodio di Bakugan New Vestronia. L'Interspazio creato da Marucho nella serie precedente è divenuto accessibile a tutti. I giocatori si trasferiscono in questo luogo virtuale per combattere con i loro Bakugan irreali. Al servizio della regina di Neathia, i Combattenti Bakugan affronteranno il malvagio imperatore Barodius con il suo darkus Dharak ed i suoi alleati. Drago evolverà da Helix a Lumino, poi in Blitz ed infine in Titanium Dragonoid. Anche questa volta, come nella serie precedente, potrà fondersi con un Bakugan colosso e quattro trappole armate, esattamente come il suo antagonista, per formare così Dragonoid Colossus. Inoltre, anche Dharak evolverà nella sua forma "Phantom".