Forse il futuro non promette le stesse avventure vissute in passato, per questo l'ammiraglio James T. Kirk comincia a credere che galoppare nelle galassie sia un gioco da giovani. Durante un'ispezione di routine sulla U.S.S. Enterprise, però, la carriera di Kirk nella Flottà Stellare entra in un nuovo capitolo quando ritorna un vecchio nemico in cerca di vendettà: Khan Noonien Singh, il conquistatore geneticamente potenziato della Terra della fine del ventesimo secolo. Sfuggito alla sua prigione dimenticata, Khan è deciso a rubare il Progetto Genesi, un dispositivo dal potere apocalittico, e a distruggere Kirk.