III secolo, l'ammiraglio James T. Kirk è in missione di controllo con l'Enterprise, quando il laboratorio spaziale Regula One gli comunica che il segretissimo progetto Genesis è stato rubato da Khan, il suo più acerrimo nemico. Khan, aiutato da un equipaggio di uomini geneticamente superiori, si impossessa di un'astronave federale e si mette sulle tracce dell'Enterprise con un unico scopo: usare il progetto Genesis per uccidere Kirk, anche a costo di un conflitto universale.