Il capitano Dylan Hunt, della Confederazione dei Sistemi, assieme alla sua astronave Andromeda Ascendant, rimane intrappolato nell'orizzonte degli eventi di un buco nero per 300 anni. Al suo risveglio la Confederazione si è disgregata e le civiltà vivono nel caos. L'Andromeda Ascendant viene recuperata da un gruppo di mercenari capitanati da Beka Valentine e agli ordini di Gerentex, uno spietato Nightsider. Così, Dylan, Beka, Trance, Harper, Tyr e Rev Bem stringono un accordo e intraprendono un viaggio per far rinascere la Confederazione. Tutto l'equipaggio viene trasferito sulla Andromeda Ascendant ed inizia una nuova missione: combattere i nemici comuni per restaurare la Confederazione dei Sistemi e riportare la pace perduta.