Incitata dalla reporter d'assalto Heather Jasper-Howe e dagli spaventatissimi cittadini di Coolsville, la 'Misteri e Affini' inizia a indagare sulla misteriosa comparsa in città di una serie di mostri. Shaggy e Scooby, determinati a provare la loro natura di provetti detective, combinano una serie di pasticci che ne mettono in discussione il ruolo nella Misteri e Affini. Nel frattempo, Velma la colta si innamora di uno dei principali indiziati e tocca quindi al macho Fred e alla bella Dafne scoprire l'identità del cattivo che scatena i mostri nel tentativo di sottomettere i cittadini di Coolsville.