Il 2 ottobre 1988 sembra una giornata come le altre per Donnie Darko ma durante la notte avviene un terrificante incidente: inspiegabilmente il motore di un aeroplano precipita dal cielo, distruggendo la stanza di Donnie. Fortunatamente in quel momento Donnie non si trova nel suo letto perché poco prima un coniglio gigante di nome Frank gli ha intimato di alzarsi predicendo la fine del mondo dopo 28 giorni, 6 ore e 42 minuti. Scampato alla morte Donnie scopre ben presto l'esistenza di fili che tengono insieme l'universo e determinano il destino.