In seguito alla scomparsa di Mulder e della videocassettà contenente le prove di ciò che accadde la notte in cui nacque il bambino di Scully, Doggett e Reyes si trovano a investigare da soli in disaccordo con il direttore Kersh. Persino Scully dichiara di non volersi interessare a questo caso. Ma nel momento in cui il suo bambino inizia ad avere degli strani comportamenti, Scully si mette in contatto con Dogget e scopre che quest'ultimo vuol farle incontrare una donna che sostiene di essere il prodotto di un progetto del Governo volto ad ottenere una razza di super soldati; un progetto che sta per essere portato a termine immettendo nelle riserve idriche della città un agente chimico in grado di indurre mutazioni genetiche negli esseri umani.