all'inizio della terza stagione, Mulder è scomparso e creduto morto... nonostante Scully abbia una visione in cui compare ancora vivo. Tuttàvia, anche quando si ritrovano, ciascuno deve fare i conti con un'ennesima perdita personale, tragedie che finiscono per rafforzare il legame che li unisce. E presto si ritrovano a dipendere da questa forza, man mano che i nemici di sempre si ripresentano e le nozioni preconcette perdono di valore.