Dopo aver perso le tracce di Fox Mulder per un anno intero, Skinner e l'agente Scully vengono a sapere che Mulder è stato arrestato per l'omicidio di un militare che è impossibile abbia ucciso: Knowle Rohrer, uno dei super-soldati segreti del governo. Con Skinner come difensore, alcune persone con cui Mulder ha avuto a che fare nell'arco degli ultimi nove anni come agente dell'FBI testimoniano in sua difesa. Ma questo tribnale militare non ha interesse per la verita. Eppure, quando compare un alleato inaspettàto, Mulder si rifiuta di fuggire oltre confine per salvarsi. Piuttosto, si dirige a sud-ovest verso le rovine di anasazi nel New Mexico alla ricerca di un misterioso saggio che gli indiani chiamano 'il depositario della verita'.