Un misterioso attentato dinamitardo ha devastato un edificio commerciale nel centro di Dallas. Sotto tonnellate di macerie sembrano rimasti sepolti i segreti che erano custoditi nei vari uffici. Fox Mulder e Dana Scully, agenti FBI, incaricati delle indagini, capiscono ben presto a loro spese che avranno a che fare con situazione insolite e anomale. Succede infatti che la logica di un normale lavoro di ricerca venga stravolta dall'insorgere di alcune misteriose presenze. Passando dagli sfondi borghesi di Washington ai campi polverosi del Texas, dalle sale di consiglio londinesi alle glaciali distese artiche, la coppia viene a contatto con un mondo popolato di entità aliene, di cospiratori che tramano per conquistare il mondo e agiscono sotto l'influsso di imperscrutabili deviazioni. Mulder è pronto a credere che esistano cose non spiegabili razionalmente. Scully, laureata in medicina, è scettica e vuole dimostrare che la scienza può spiegare anche ciò che non sembra spiegabile. I due alla fine scoprono le prove di un complotto teso a nascondere alla pubblica opinione l'esistenza di alcuni progetti segreti. E nel complotto ci sono persone che operano ai margini delle istituzioni e non esitano di fronte all'omicidio pur di evitare che certe verità vengano a galla.