Un veterano della guerra civile, il capitano Woodrow Algren, giunge in Giappone alla fine del 1870 per addestrare le truppe dell'imperatore Meiji che si preparano ad eliminare gli ultimi samurai. Quando però Algren viene catturato dagli stessi samurai, impara il loro codice guerriero da Katsumoto, il capo dei samurai, e decide da quale parte del conflitto stare.