Le super spie internazionali Gregorio ed Ingrid Cortez, che si pensava si fossero ritirate per mettere su famiglia, sono state catturate dal nemico. Mancano all'appello anche altre sette importanti spie del gruppo OSS. Si sospettà che sia coinvolto nel caso il 'mago' della tecnica Fegan Floop, il quale potrebbe accingersi ad utilizzare tecniche di trasmigrazione senza precedenti. Il destino dei Cortez - e forse del mondo - sembra affidato al coraggio e alle azioni di due soli...bambini: Carmen e Juni Cortez, addestrati principalmente alle scuole elementari e attraverso i videogames! Le risorse a loro disposizione comprendono zaini propulsori, aerei ultraleggeri, minisottomarini, gomme da masticare, elettroshock e, soprattutto, l'amore per la loro famiglia e le loro giovani menti piene di idee.Il DVD contiene un CD ROM con lo speciale Cyber Spy Kit, un kit cibernetico interattivo per giocare con Spy Kids e creare Spy gadgets. Nel CD ROM c'è tutto quello che serve ad una super spia: le istruzioni per la missione, i tesserini di riconoscimento, il diario della missione e, soprattutto, il gioco interattivo per allenarsi.