Siamo nel XXIII secolo. Un "intruso", distrutte agevolmente le astronavi di difesa di Klington, si sta dirigendo verso la Terra. Il Capitano James T. Kirk, nonostante il lungo periodo di permanenza alla base, assume la direzione del veicolo spaziale "Uss Enterprise", con disappunto di Willard Decker che viene costretto a fare da secondo. Il veicolo, tra l'altro, non è del tutto a punto. Comunque delle 431 persone dell'equipaggio, il motorista Scott, il timoniere Sulu, l'addetto alle comunicazioni Uhura, l'ufficiale di controllo Chekov, la dottoressa Christine Chapel, l'addetto al carico Janice Rand, la calva pilota Ilia fanno ciascuno il proprio dovere inoltre, abbastanza misteriosamente, giungono a bordo anche il dr. Leonard McCoy e lo scienziato Spock. Con le ore contate, prima che il misterioso aggressore attacchi la Terra, i volenterosi dell'Entreprise si addentrano nel complesso di sconosciute e invincibili energie che paiono costituire la natura del nemico che chiamano Viger in conseguenza di confuse segnalazioni raccolte. Grazie alla pilota Ilia, catturata da "Viger", ne raggiungono il centro ove scoprono trattarsi dell'americano "Voyager 6", una sofisticata sonda spaziale, inviata 300 anni prima a raccogliere notizie nello spazio e ora bramosa di ritrovare il suo "creatore" per concludere la missione mediante la comunicazione di quanto ha registrato. Il "Vovager 6", però, ha con il tempo assunto quasi una personalità che potrà essere domata mediante il sacrificio di Ilia e dell'ufficiale che l'ama.