A New York si è scatenata un'ondata di criminalità: giovanissimi delinquenti derubano e picchiano inermi cittadini e compiono razzie. Costoro sono membri del Club del Piede, il cui capo, Oroku Saki soprannominato Shredder, è un giapponese, ex maestro di arti marziali, il quale si mostra solo col volto mascherato e indossa un antico costume da samurai. A combattere però tali malfattori intervengono dovunque quattro tartarughe ninja mutanti, divenute gigantesche e umanoidi, come il loro maestro, il saggio topo Splinter, per contatto con sostanze radioattive. Le tartarughe, che il topo, amante della pittura italiana, ha chiamato Raffaello, Leonardo, Michelangelo e Donatello, sono espertissime di arti marziali, parlano, sono ghiottissime di pizza, e vivono nascoste nelle fogne della città, da dove escono per le loro imprese. La coraggiosa e giovane giornalista April O'Neil, che svela in televisione i misfatti della banda del Piede, viene attaccata una sera dai malfattori, subito sconfitti, però dalle tartarughe accorse prontamente e queste diventano grandi amiche della ragazza. A costoro si unisce un giovanotto, Casey Jones, che combatte anch'egli per il bene, armato di mazze e di agilità. Di contro l'adolescente Danny, figlio di Charles Pennington, il direttore capo di April, fa parte della banda dei malfattori, perchè si crede poco amato dal padre, e finisce con lo scappare di casa, mentre April offre rifugio nel suo alloggio alle quattro tartarughe, quando Splinter viene rapito dai ninja cattivi, quindi imprigionato e incatenato nei sotterranei del Club, con la prospettiva di morire di fame. Ma le tartarughe, con April e Casey, che intanto si sono innamorati, vanno all'attacco della banda per liberare il maestro, aiutati stavolta anche da Danny, pentito e riconciliato col padre. Mentre Shredder tenta di uccidere Splinter, cade accidentalmente da un alto tetto dentro un trituratore di rifiuti, e muore. Il gruppo dei buoni stravince e New York è liberata dalla delinquenza dei cattivi ninja.