Taichi è ora uno studente universitario, vive da solo, ma è ancora incerto sul suo futuro. Gli 8 ragazzi continuano a proteggere la città dai Digimon che finiscono nel loro mondo. Un giorno si verifica un fenomeno senza precedenti, i Digiprescelti scoprono grazie all'aiuto di una ricercatrice Menoa Bellucci, che quando cresceranno, la loro relazione con il loro partner Digimon terminerà. Un timer a forma di anello si attiva sul loro Digivice, si rendono così conto che più combattono con il loro partner, più velocemente si spezzano i legami. Gli 8 ragazzi indagano quindi su questo strano fenomeno, con l'aiuto dei protagonisti di Digimon Adventure 02, che nel frattempo sono a New York.