È lastoriadell'intelligente e gentile Kubo, che raccontastorie fantastiche allagente del suo paese in rivaal mare. Maquando accidentalmente evocaun antico spirito in cercadi secolare vendettà, è costretto afuggire e si unisce aMonkey e Beetle in unaquest per salvare lasuafamigliae svelare il mistero dellamorte del padre. Col suo magico strumento, lo shamisen, dovrà combattere contro dèi e mostri.