Giappone, XVII secolo. La famiglia Tokugawa ha assunto il controllo dell'Arcipelago, ma potenti corporazioni di ninja cercano di manovrare i destini del Paese nell'ombra. Il clan ninja di Hiruko, condannato a vivere nell'oscurità, è depositario di un importante compito: proteggere la misteriosa Gemma del Drago. Il temibile clan dei Kimon, che trama per rovesciare il governo centrale, vuole a tutti i costi la Gemma e il potere che racchiude. Ma una notte un ninja di Hiruko ruba la Gemma, e la sua fuga finisce per disturbare il sonno di Kibagami Jubee, ninja mercenario e vagabondo, che si trova così suo malgrado a dover svolgere un compito maledettamente complicato: consegnare la Gemma del Drago all'unica persona che può usarla. E per questo, Jubee è diventato il bersaglio dei mostruosi ninja di Hiruko e Kimon.