La pacifica colonia di Frontier IV viene improvvisamente invasa dalle truppe della Crossbone Vanguard, un'armata al servizio della potente famiglia Ronah, che con un colpo di stato vuole prendere il potere e procedere allo sterminio della maggior parte del genere umano. Un gruppo di ragazzi fuggendo si imbatte nella Space ark, una nave militare che sembra contenere un nuovo modello di Gundam.