En un mundo unido a otro a través de una grieta conocida como Océano Abisal, Holmes, un metamorfo que trabaja como detective-consultor, y su fiel amigo Charles Watson investigan las acciones de un peculiar criminal, el Ladrón de Rostros Ajenos, que se apropia de los rostros de sus víctimas para llevar a cabo algún plan perverso.
En un juego de apariencias y pistas falsas, la pareja se verá envuelta en una trama que podrá desencadenar una guerra civil entre vampiros y licántropos, además de traer a la superficie los secretos más oscuros guardados por una estimada sociedad de alquimistas. Pero, conforme avanzan en el caso, descubren que no todo es como creían que era.
Las máscaras de Holmes es una relectura del clásico personaje Sherlock Homes, creado por Arthur Conan Doyle, inserto en una historia de fantasía urbana en una realidad alternativa.