Décembre 1559, le conseiller Dubourg est condamné à mort pour avoir remis en liberté un protestant, ce qui est interdit par le roi François II. Robert Stuart, son fils, cherche un moyen pour obtenir du roi la grâce de son père. A cette histoire politique se mêle celle du prince Louis de Condé. Épris de Charlotte de Saint-André – hôte du Louvre en compagnie du maréchal, son père – il se tient tous les soirs dans la cour du palais afin de la contempler de loin, à travers sa fenêtre.
Un soir, Stuart lance un message par la fenêtre du maréchal, espérant qu’il sera remis au roi. Un remue-ménage s’en suit. Condé saisit ce prétexte pour aller s’entretenir avec Charlotte. Celle-ci se moque de lui... et, lui offrant un mouchoir pour qu’il sèche ses larmes, elle lui donne en même temps, malencontreusement, le message qui s’y cachait.
Le prince découvre le mot... adressé à un autre: un rendez-vous amoureux dans une chambre du palais. Il confie le billet à un ami, l’amiral Coligny, lequel le laisse à son épouse pour qu’elle tente d’en découvrir l’auteur. Le lendemain, elle se présente au salon de la reine, où on la considère comme une bigote. Au cours de la soirée, elle laisse échapper le billet, lequel est ramassé par un courtisan. Après son départ, la reine lit à haute voix le billet et tous s’esclaffent, croyant que c’est l’amirale qui a un rendez-vous galant!
On décide d’aller l’y surprendre. Condé, lui, est déjà au poste, caché sous le lit... Et voilà Stuart qui vient aussi s’y dissimuler: il vient au palais pour assassiner le roi s’il n’obtient pas la grâce du conseiller. Les deux hommes font connaissance et Condé engage Stuart à ne pas assassiner le roi, lui promettant d’intervenir auprès de lui. Enfin Charlotte arrive et se prépare à accueillir son amant... lequel n’est autre que le jeune roi.
Au matin, le roi reçoit la visite de Condé qui tente de lui faire signer la grâce de Dubourg. Il y parvient presque, mais l’amirale, que le roi avait mandée pour savoir d’où venait le billet qui l’avait exposé à la risée de tous, arrive à ce moment... Celle-ci avoue que le billet lui a été remis par le prince. Revirement total: le roi, en colère, chasse Condé et ordonne l’exécution du conseiller.
Condé, jusque-là catholique, se retrouve alors auprès de son ami Coligny, protestant. Condé annonce à l’amiral qu’il est désormais des leurs. Et le roman se termine sur une « vision » de Dumas: il laisse s’éloigner dans la nuit les futurs chefs de la réforme protestante qui mourront assassinés.