Septembre 1798. Revenant d’Aboukir où la flotte britannique a vaincu Bonaparte, l’Amiral Nelson est reçu en triomphateur à la cour de Naples. Garat, ambassadeur de la République, fait irruption dans cette manifestation d’hostilité anti-française et promet la guerre au Royaume de Naples. Trop vite cependant : le soir même, Salvato Palmieri, agent envoyé de Rome par le général Championnet pour informer Garat de la situation des Français et l’inviter à gagner du temps, est attaqué par les sbires de la reine Marie-Caroline de Naples. Laissé pour mort, il est recueilli par Luisa San Felice, jeune Napolitaine épouse du chevalier San Felice, vieil homme de lumières et bibliothécaire à la cour. Confié par le sort à ses soins, Salvato s’éprend de Luisa, et réciproquement.
Marie-Caroline convainc le roi Ferdinand de la nécessité d’entrer sans retard en guerre contre les Français maîtres de Rome, en faisant valoir l’appui des Anglais que l’irrésistible Lady Hamilton a pu obtenir de Nelson. C’est bientôt chose faite. Les Français sont repoussés, le général Mack s’empare de Rome, Ferdinand y triomphe, mais, contre toute attente, la riposte française est fulgurante et sans appel : ils reprennent la ville, l’armée napolitaine est déconfite, et le roi regagne piteusement ses terres. C’est la porte ouverte aux soldats de la République, qui marchent sur Naples. La cour fuit vers Palerme, en Sicile.
Un régime républicain s’installe à Naples. La « République parthénopéenne », calquée sur son aînée française, est proclamée. Les Jacobins, élite libérale du royaume, arrivent à vaincre l’ignorance populaire. Saint-Janvier y contribue, dont le miracle semestriel (la liquéfaction de son sang) est anticipé par Championnet. L’idylle se poursuit entre Salvato et Luisa, qui devient bien malgré elle une icône du nouveau régime, en déjouant, pour sauver la vie de son amant, une conspiration bourbonienne fomentée par un de ses anciens admirateurs, le jeune banquier Backer.
Mais la liberté nouvelle est fragile. Le cardinal Ruffo, que Ferdinand a nommé Lieutenant-général et à qui il a donné carte blanche, organise la reconquête de la partie continentale du Royaume, à partir de Reggio de Calabre. Il n’hésite pas à recruter parmi les brigands – Fra Diavolo n’en est que le plus sanguinaire – pour former son « Armée de la Sainte-Foi ». Les Sanfédistes reprennent peu à peu les cités des Pouilles et de Calabre. Après bien des vicissitudes, Naples, que les Français ont évacué, semble perdue. Ruffo promet l’exil aux Républicains. La ville tombe après des combats chaotiques. Ferdinand, qui doit pourtant son royaume au cardinal, refuse d’honorer la promesse d’exil. S’ensuit une répression féroce. La San Felice, enceinte de Salvato, en sera la dernière victime.