Un narrador protagonista anónimo en primera persona omnisciente cuenta la historia de su matrimonio con Morella, una culta y extraña mujer que lee y profundiza en las prohibidas páginas del misticismo. Sus sentimientos hacia ella habían sido siempre extraños e indefinibles, el narrador sabe que nunca sintió amor por Morella. Como resultado de sus prácticas y lecturas, logró la inmortalidad de su alma, pero su forma física había empezado a deteriorarse cada vez más, por lo tanto pasa su tiempo en su cama hablando con su marido y enseñándole las artes oscuras que había aprendido. Él estaba sumamente asustado por las palabras de Morella y en secreto le deseaba la muerte, pese a que intentaba disimularlo todo el tiempo. Finalmente, muere durante el parto, pero su alma pasa a habitar en el cuerpo de la hija de ambos. Morella, antes de morir le dice al narrador, su marido, que nunca fue amada por él, por consiguiente, después de la muerte sería amada por él con un amor perfecto y puro. A medida que va pasando el tiempo, la hija de Morella iba pareciéndose a su madre en todo, cosa que perturbaba al narrador de manera desmedida. Nunca le había puesto un nombre, por el simple hecho de que no sabía cuál ponerle. Cuando la chica va a cumplir diez años, él decide bautizarla para eliminar cualquier demonio que tuviera en su interior. Cuando el sacerdote le pregunta cuál es su nombre, él contesta "Morella". En ese mismo momento, ella dice "¡Estoy aquí!", y cae muerta en el piso. La historia llega a su fin cuando la segunda Morella es depositada en el mismo sepulcro que la anterior, y el narrador se da cuenta que los huesos de su esposa difunta ya no estaban allí.