L'Isola del Giglio è caratterizzata dal tipico clima mediterraneo, con una lunga stagione estiva moderatamente calda ma molto siccitosa, e da una breve stagione invernale caratterizzata da clima più umido e con alcune precipitazioni. Dal punto di vista termometrico, sono molto rari gli eccessi, sia nelle massime estive che nelle minime invernali, grazie all'azione mitigante del mare. Tuttavia, nelle aree collinari dell'entroterra insulare, l'altitudine può localmente attenuare anche sensibilmente alcune caratteristiche del clima mediterraneo.