Il pirata Sandokan si ritrova coinvolto nella missione per salvare Tremal-Naik, nobile cacciatore di serpenti prigioniero degli inglesi. Scoprirà che c'è qualcosa di più profondo che lo lega a Tremal-Naik, qualcosa che ha a che fare con le due donne che i giovani avventurieri amano. Salgari dà vita a una storia che, in un'ambientazione coloniale e fantastica, vede mitici personaggi come Sandokan, Yanez, Tremal-Naik, Ada Corisant, lord Guillonk e il perfido James brooke confrontarsi e scontrarsi in un turbinio di eventi che porta dritto alla conclusione della storia, senza un attimo di tregua.
I pirati della Malesia fa parte del cosiddetto ciclo indo-malese, insieme a libri divenuti leggendari come Le tigri di Mompracem, Le due tigri, I misteri della Jungla nera, e molte altre avventure.