Proemio: Heródoto expone su intención: evitar que las hazañas de las generaciones que lo precedieron sean relegadas al olvido (I 1), explicando las causas de sus enfrentamientos.

Libro I: Para exponer las causas del conflicto (las Guerras Médicas), Heródoto pasa a abordar las primeras diferencias y enfrentamientos que se produjeron entre griegos y bárbaros en época mítica (secuestros de Europa, Medea y Helena, Guerra de Troya). Sin embargo, marca cierta distancia con estas tradiciones y acto seguido indica quién, por lo que él sabe, cometió en primer lugar actos injustos (Creso, rey de Lidia). Tenemos, pues, expuesta nítidamente que la agresión es la medida de la responsabilidad moral y jurídica.
Libro II: Está dedicado en su totalidad a Egipto: Cambises II, descripción de la geografía y etnografía de Egipto, e historia del país.
Libro III: Causas que indujeron a Cambises a atacar Egipto. Campaña militar. Detalles acerca del carácter soberbio e impío de Cambises. Muerte de Cambises y entronización de Darío I.
Libro IV: Sigue la expansión persa: Escitia. Digresiones acerca de los escitas. Campañas contra los escitas. Campaña contra Libia.
Libro V: El avance persa se cierne contra Grecia. Operaciones contra Macedonia y Tracia. Sublevación jonia. Aristágoras de Mileto pide ayuda a Esparta y Atenas, lo que sirve para desarrollar la Historia de estas dos ciudades.
Libro VI: I Guerra Médica. Incursión persa en Macedonia. Historia contemporánea de Esparta y Atenas. Desembarco persa en el Ática. Batalla de Maratón. Asuntos de política interna en Atenas: Alcmeónidas y Milcíades.
Libro VII: Los acontecimientos se precipitan. Las digresiones poseen una estrecha relación estructural con el núcleo del relato. Tras la muerte de Darío, Jerjes I toma el mando del Imperio aqueménida y decide la invasión de Grecia. Se describe la ingente expedición, el paso del Helesponto y el desarrollo de las operaciones. Preparativos griegos para resistir; batalla de las Termópilas.
Libro IX: Batallas de Platea y Micala. Trágicos amores de Jerjes. Toma de Sestos por los atenienses. Opinión de Ciro sobre los riesgos del expansionismo.
El final de las Historias es problemático.